機務組設機電、船機、通訊三科，掌理下列事項：
一、裝卸機具、船舶資料蒐集、研究及諮詢，長期發展計畫訂定暨中長程汰舊換新計畫審核事項。
二、裝卸機具、船舶採購規範編擬及請購事項。
三、裝卸機具、船舶修護制度之訂定及修正事項。
四、裝卸機具、船舶保養不定期檢查事項。
五、各種電力、電信、照明、消防、給水、空調、監視、電梯、加油設施及運輸機械等機電工程設計暨相關機、水、電證照請領事項。
六、機電、船舶相關工程設計標準蒐集、建立及圖檔管理事項。
七、船舶年度修護計畫編擬、統計及零星修理檢討事項。
八、有線、無線電訊架設管理及證照檢驗申請事項。
九、其他交辦事項。