運入澎湖地區偶蹄類動物除供屠宰之豬隻外，應在澎湖縣動物防疫機關指定之隔離設施，依下列規定進行隔離檢查：
一、豬隻：應隔離檢查十四日。但健康情形良好者，得縮短期間為七日。隔離期間罹患、疑患或可能感染甲類動物傳染病者，逕予撲殺；罹患乙類動物傳染病者，得延長隔離期間至無嫌疑，必要時得逕予撲殺。
二、豬隻以外之偶蹄類動物：應隔離檢查十四日。隔離期間罹患、疑患或可能感染甲類動物傳染病者，逕予撲殺；罹患乙類動物傳染病者，得延長隔離期間至無嫌疑，必要時得逕予撲殺。
供屠宰之豬隻逕送澎湖縣肉品市場繫留觀察，不得移出，於屠宰衛生檢查獸醫師監督下屠宰。