本部南投啟智教養院 (以下簡稱本院) 設各課，分別掌理下列事項
一、教保課：關於掌理中度、重度及極重度智障院生之生活照護與自理訓
練啟智教育訓練、職業陶冶、職業輔導、庇護性就業、支持性就業、
休閒育樂活動及家庭訪視事項。
二、社會工作課：關於掌理身心障礙諮詢服務、院童心理測驗、身心障礙
者及其家屬之心理、社會、職業等問題之指導及其他有關身心障礙福
利服務事項。
三、保健課：關於心理矯正、疾病醫療與預防、體能復健訓練、衛生教育
、保健及設施等事項。
四、行政課，掌理研考、議事、公共關係、文書、檔案管理、印信、出納
、事務管理、財產管理、及其他不屬於其他各課、室之事項。