本總隊掌理下列事項：
一、空中勤務制度之規劃、協調、執行及研究發展。
二、空中勤務、航務、機務、後勤補給、訓練之規劃、執行。
三、支援各種天然災害及重大意外事故等災害搶救之空中救災。
四、支援山難搜尋、水上救溺及海上救難等人命搜救之空中救難。
五、支援緊急醫療之空中救護轉診、器官移植等空中救護。
六、支援災情觀測、重大緊急犯罪追緝、海洋（岸）巡護、交通巡邏通報、環境污染調查、國土規劃勘查航攝等空中觀測偵巡。
七、支援救（勘）災人員、裝備、物資之運送等空中運輸。
八、空中救災、救難之演習訓練。
九、其他有關空中支援勤務。