行政課職掌如下：
一、警力配置、警察勤務實施及勤前教育之規劃、管制及督導事項。
二、交通安全維護、管制、秩序整理、宣導、交通事故與交通違規案件之
處理、統計及通報事項。
三、港區通行證之受理申請、核發、註銷及資料管理事項。
四、交通法規及執法教育講習、訓練規劃、執行事項。
五、協處環境保護事項與妨害衛生及正俗業務之協助推行等事項。
六、協助家戶訪查、流動人口及失蹤人口查尋通報。
七、轄區劃分、變更之規劃、督導事項。
八、涉外治安案件預防及查察、外事情報蒐集分析之規劃、執行事項。
九、協助執行外國元首、重要官員、特殊人士訪華及國際性會議及國際機
構、官員安全維護之規劃、執行事項。
十、外國人、大陸地區人民、港澳居民及臺灣地區無戶籍國民非法活動調
查與協助查緝之規劃、督導、聯繫事項。
十一、警政法規宣導、座談、講習之規劃、督導、協調事項。
十二、員警法規建議意見處理及諮詢答覆事項。
十三、國家賠償事件之擬處事項。
十四、協助執行港務行政及配合防救災害等之規劃、督導及警力派遣事項
。
十五、協助辦理港區通行證製作、核發、註銷等事項。
十六、安檢業（勤）務之規劃、執行事項。
十七、安檢特定情報、保防業務之規劃、執行事項。
十八、港口、貨櫃初期遭受劫持破壞事件之應變及演習之規劃、執行事項
。
十九、港口治安維護之規劃、執行事項。
二十、進口貨櫃聯合安全檢查工作之規劃、執行事項。
二十一、查獲非法出入境械彈、毒品等案件之協調處理、督導事項。
二十二、民防工作計畫及作業之規劃、執行事項。
二十三、防情傳遞及警報發放之協調、督導、執行事項。
二十四、協辦花蓮港務局特種防護團業（勤）務之規劃、督導、執行事項
。
二十五、協助重大災害搶救之執行、督導事項。
二十六、其他有關行政、戶口、交通、外事、法制、陸務、安檢、民防、
雙語建置事項。