依本條例規定，由動物防疫人員施行生體檢查、預防注射、投與疫苗、藥浴或投藥而致死或流產，或撲殺之動物及銷燬之物品，除其所有人或管理人違反
第十二條第一項之規定或未依動物防疫人員之指導者不予補償外，該管直轄市、縣（市）主管機關應組織評價委員會，評定其價格，並依下列基準發給補償費：
一、健康動物因生體檢查、預防注射、投與疫苗、藥浴或投藥等措施致死或流產之屍體，依評價額以內補償之。
二、因疑患或可能感染動物傳染病所撲殺之動物，依評價額以內補償之。
三、為鑑定病因而撲殺之動物，依評價額以內補償之。
四、罹患動物傳染病所撲殺之動物，依評價額五分之三以內補償之。但所罹患之動物傳染病屬新發現，或國內已持續二年以上未有發生，首例主動通報者，撲殺之動物依評價額以內補償之。
五、銷燬之物件，依評價額二分之一以內補償之。
六、為控制動物傳染病，經主管機關同意送往屠宰場屠宰者，依評價額扣除實際銷售額之差價全額補償之。
前項評價委員會之組成人員及評價標準，由中央主管機關定之。
輸出入檢疫時依第一項第二款至第五款處理之動物或物品，或隔離留檢期間死亡之動物，不發給補償費。
第一項各款補償費，由直轄市或縣（市）主管機關負擔。但中央主管機關得予補助。