秘書處分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：各項採購與驗收；薪資管理；工友與車輛管理；駐衛警察與機關安全維護管理；辦公處所管理與建築物修繕；文化資產古蹟保存維護管理；機電、空調、消防、給水及事務機具維護管理等事項。
二、第二科：印信典守；文書收發及繕校；機關檔案管理；出納及財產物品管理等事項。
三、第三科：法制事項之審議及彙辦；館務會議、主管會報及諮詢委員會議等議事及管考事項；機要文書之處理；新聞發布及公共關係聯繫；出版品授權銷售及管理；其他不屬於各科之綜合行政等事項。
四、第四科：網路環境規劃、建置、維運；業務資訊系統協辦；辦公室自動化；資訊安全業務；資訊庶務管理；機房管理及電腦設備維修等事項。