本法所定中央主管機關之主管事項如下：
一、全國性土壤、底泥及地下水污染預防與整治政策、方案、計畫之規劃、訂定、督導及執行。
二、全國性土壤及地下水污染之監測及檢驗。
三、土壤、底泥及地下水污染整治法規之訂定、研議及釋示。
四、直轄市或縣（市）主管機關土壤、底泥及地下水污染預防、監測與整治工作之監督、輔導及核定。
五、涉及二直轄市或縣（市）以上土壤、底泥及地下水污染整治之協調。
六、土壤及地下水污染整治基金之管理。
七、土壤、底泥及地下水污染檢測機構之認可及管理。
八、土壤、底泥及地下水污染預防與整治之研究發展及宣導。
九、土壤、底泥及地下水污染整治之國際合作、科技交流及人員訓練。
十、其他有關全國性土壤、底泥及地下水污染之管理、預防及整治。