港澳蒙藏處掌理事項如下：
一、香港、澳門及蒙藏情勢之蒐集、研析。
二、香港、澳門事務之政策研究、評估、規劃、協調及審議。
三、與香港、澳門政府協商議題之研擬、規劃及處理。
四、與香港、澳門經濟、文化、教育、法政、社會等往來相關業務之規劃、協調、聯繫及處理。
五、香港、澳門事務法規之研擬、審議及協調。
六、與香港、澳門民間或專業團體交流互訪事務之規劃及執行。
七、香港、澳門居民來臺活動或急難事件之聯繫及服務，國人在香港、澳門之綜合性服務。
八、港澳事務財團法人之設立許可及輔導，港澳事務民間團體會務之協調及輔導。
九、駐香港、澳門機構與香港、澳門在臺設立機構事務之協調及聯繫。
十、其他有關香港、澳門及蒙藏事項。