受獎勵人應依下列規定向主管機關請領各期小水力獎勵金，除具不可歸責之事由外，逾期未申請者，視為放棄請領：
一、第一期：獎勵資格通知送達次日起三十日內，檢具應備文件（附件四），向主管機關請領核定獎勵金額之百分之三十。
二、第二期：核定計畫書執行完竣並經主管機關核發審查合格文件，自審查合格文件送達次日起三十日內，檢具應備文件（附件四）向主管機關請領，其請領金額以核定獎勵金額之百分之七十為上限，並採核實支付方式辦理，經主管機關審核認定後撥付。
受獎勵人檢附之支出憑證應依政府支出憑證處理要點規定辦理，並詳列支出用途及全部實支經費總額。同一案件由二個以上機關獎勵或補助者，應列明各機關實際獎勵或補助項目及經費。
受獎勵人於支出憑證取得確有困難或顯不具效益等特殊情形，得就該部分列明理由，經主管機關同意後，以其他佐證資料辦理結報。
受獎勵人於計畫執行期間，因小水力獎勵金所生之其他衍生收入，應依主管機關核定之獎勵比率計算，並繳回主管機關。
受獎勵人檢具之第一項各款應備文件內容如有疑義，主管機關得通知受獎勵人限期提出書面說明、到場說明或進行其他必要程序。