學生事務及特殊教育司掌理事項如下：
一、性別平等教育政策規劃與大專校院性別平等教育工作之推動及督導。
二、學生事務政策規劃與大專校院學生事務工作之推動及督導。
三、學生輔導政策規劃與大專校院學生輔導工作之推動及督導。
四、特殊教育政策規劃與大專校院特殊教育工作之推動及督導。
五、校園安全規劃、校安通報、校園災害管理、防制校園霸凌與藥物濫用之規劃及督導。
六、各級學校全民國防教育、學生兵役、全民防衛精神動員與教育服務役政策之規劃、推動及督導。
七、軍訓教官與護理教師資格、遴選、任免、介派、晉任、遷調、進修訓練、考核、紀律、獎懲、陳情、申訴、訴願（訟）、資遣、退撫與人事資料管理業務之規劃、推動及督導。
八、軍訓教官與護理教師薪資待遇、保險與服裝製補等後勤業務之規劃、推動及督導。
九、學生事務及特殊教育相關法規之研修。
十、其他有關學生事務及特殊教育事項。