高等教育司掌理事項如下：
一、高等教育（含醫學教育等各學術領域）政策之規劃及推動。
二、大學各類人才培育、多元入學制度與增設調整系所之規劃及推動。
三、大學評鑑、產學合作與技術研發之規劃及推動。
四、大學卓越化、國際化、國外與大陸學歷採認之規劃及推動。
五、大學學雜費、學生助學措施、資源分配、財務及行政之監督。
六、大學組織規程之審核。
七、大學原住民族與少數族群教育事項之規劃及推動。
八、專科以上學校教師資格審定、學術倫理規範及國家講座、學術獎遴選。
九、大學、私立學校、學位授予及其他高等教育相關法規之研修。
十、其他有關高等教育事項。