綜合規劃司掌理事項如下：
一、年度施政方針、年度施政計畫、中程施政計畫、先期作業、中長程個案計畫之研擬、規劃及協調。
二、施政報告、重大個案計畫之研擬、管考及評估。
三、研究發展工作之規劃、研析、推動及管考。
四、原住民族及少數族群教育、學校衛生教育、海洋教育政策之規劃及協調。
五、全國性教育會議、部務會報及其他重大會議之籌辦。
六、國家教育研究院之督導。
七、教育經費編列與管理、學校衛生教育、原住民族及少數族群教育、綜合性教育相關法規之研修。
八、國會、新聞發布、媒體公關之協調及聯繫。
九、為民服務工作之規劃、推動及管考。
十、其他有關綜合規劃事項。