補助案件作業程序及審查項目如下：
一、由受理機關先就申請人資格及應備文件進行檢核，有未符合規定且可補正者，得通知限期補正；屆期未補正或補正不全者，不予受理。
二、補助案件之審查期間不得逾四個月；必要時，得延長一個月。
三、受理機關為審查申請人所提計畫，得召開審查會議，並得依實際需求通知申請人陳述意見或提出說明。
四、審查會議之審查委員，得就下列項目提供意見：
（一）與本部或所屬機關業務職掌範圍之關聯性。
（二）執行之可行性。
（三）經費分配之合理性。
（四）人力配置之妥適性。
（五）預期成果或效益之可能性。
（六）績效指標之適當性。
五、經審查通過之計畫，由本部或所屬機關核定後，與申請人簽訂契約。