替代役役男薪俸、地域加給及主、副食費，由訓練、服勤或用人單位依前三條規定填製發放表冊，於當月發薪日十五日前層轉主管機關發給。但一般替代役役男基礎訓練期間與研發或產業訓儲替代役第一階段服役期間之薪俸及主、副食費，由訓練單位依徵集令、研發或產業訓儲替代役入營通知填製發放表冊。
各需用機關依權責所發布之人事命令，應副知主管機關、訓練及服勤單位，俾憑造送相關薪俸、地域加給及主、副食費異動表冊。研發替代役役男於第二階段服役期間，由碩士學位進階為博士學位者，由用人單位通報主管機關辦理；產業訓儲替代役役男於第二階段服役期間，學位有進階者，亦同。