中央主管機關辦理下列事項：
一、流域綜合治理政策之規劃及推動。
二、流域綜合治理計畫之擬訂及推動。
三、各執行計畫之審查及核定。
各中央目的事業主管機關辦理下列事項：
一、流域綜合治理計畫之會同擬訂及推動。
二、直轄市、縣（市）政府及農田水利會所提各項執行計畫審查。
三、流域綜合治理計畫特別預算之編列。
四、督導直轄市、縣（市）政府及農田水利會執行本條例之各項工作。
直轄市、縣（市）政府辦理本條例相關工程用地之取得及河川、區域排水、水產養殖排水、疏濬清淤等相關工程計畫之提報及執行。
農田水利會辦理本條例農田排水治理工程用地之取得、相關工程計畫之提報及執行。