中央政府依本條例支應改善適用範圍內流域綜合治理計畫所需經費上限為新臺幣六百六十億元，以特別預算方式編列，得分期辦理預算籌編及審議。
前項所需經費來源，得以舉借債務或出售政府所持有事業股份方式辦理，不受公共債務法
第五條第七項有關每年度舉債額度規定之限制；其預算編製不受財政收支劃分法
第三十條、
第三十七條補助地方事項及經費負擔規定之限制；其經費使用得在各該機關原列預算範圍內調整支應，不受預算法
第六十二條及
第六十三條規定之限制。
第一項特別預算中，為落實流域整體治理及綜合治水原則，其中辦理河川及區域排水經費上限為新臺幣四百二十億元、辦理雨水下水道經費上限為新臺幣九十億元、辦理農田排水、水產養殖排水、上游坡地水土保持及治山防洪經費上限為新臺幣一百五十億元。