本條例之中央主管機關為經濟部；中央執行機關為編列各預算之各部會；
地方執行機關為新北市、桃園縣、新竹縣及宜蘭縣政府。
中央主管機關辦理下列事項：
一、石門水庫及其集水區治理政策之規劃及推動。
二、石門水庫及其集水區治理計畫及各期實施計畫之擬訂及推動。
三、石門水庫及其集水區各治理計畫之生態調查、評估及與在地民眾、團
體協商溝通機制之建立。
四、中央執行機關各期執行計畫之審查及核定。
中央執行機關辦理下列事項：
一、石門水庫及其集水區治理計畫特別預算之編列。
二、各期執行計畫之擬訂、推動及執行。
三、督導直轄市、縣（市）政府執行本條例之各項工作。
四、直轄市、縣（市）政府工作計畫之核定。
五、石門水庫活化及其自來水供水工程之執行。
六、配合中央主管機關執行上述工作。
地方執行機關依相關法令及權責辦理。
中央主管機關每年向立法院報告執行情形。