秘書室掌理下列事項：
一、綜核文稿業務：
（一）關於公文之核稿事項。
（二）關於重要文稿之撰擬事項。
（三）關於處務會議與會報之準備及紀錄事項。
（四）關於機要文件之收發、提陳、擬辦及保管事項。
（五）關於主管函電之簽辦、繕譯及保管事項。
（六）關於所在區防護團業務事項。
（七）關於加工出口區新聞發布及記者招待聯繫事項。
（八）關於加工出口區簡報資料之編製事項。
（九）其他交辦事項。
二、法制業務：
（一）關於各單位擬訂法規之審核及協辦事項。
（二）關於各單位法律案件與解釋法令之審核及協辦事項。
（三）關於法律事務之簽議事項。
（四）關於本處主管法規之編印事項。
（五）關於本處主管法規動態之登記及報核事項。
（六）各國自由貿易區法令資料之搜集研究事項。
（七）其他有關法規事項。
三、事務業務：
（一）關於事務管理規則所規定之出納、財產、物品、車輛、辦公處所、宿舍、集會及工友之管理事項。
（二）關於本處辦公廳舍水電修繕事項。
（三）關於本國來賓參觀接持事項。
（四）關於新聞資料之剪輯事項。
（五）關於加工出口區內產品陳列室及產品零售中心之管理事項。
（六）關於本處簡報室及區政館之管理事項。
（七）關於本處圖書報刊置備及管理事項。
（八）關於加工出口區一般問題之答詢事項。
（九）其他有關總務工作、公共關係及聯絡事項。
四、文書業務：關於事務管理規則所規定之文書處理及檔案管理事項。
五、不屬於其他各組、室之業務事項。