第二課課長承分局長之命綜理課務，並督率所屬辦理左列事項：
一、關於動物及其產品 (含動物飼料) 檢疫之執行與處理事項。
二、關於畜、水產品檢驗之執行與處理事項。
三、關於上述業務委託試驗之執行事項。
四、關於畜、水產品分等工廠品質管制作業之執行與技術輔導事項。
五、關於分等工廠報驗紀錄表之審核事項。
六、關於前述產品包裝檢查、取樣、標識及不合格品之處理事項。
七、關於前述各類檢驗 (疫) 資料之蒐集、整理及建議事項。
八、關於前述各類檢驗 (疫) 法規、程序、標準及方法之研究改進與建議
事項。
九、關於動物檢疫證明書之副署。
十、關於港口驗對之執行事項。
十一、關於儀器、藥品、用具之籌劃、添置、維護、保管事項。
十二、關於本課主管之工作計畫、報告及表報、文稿之撰擬收發、登記暨
分局長臨時交辦事項。