報驗發證課掌理事項如下：
一、受理各類報驗發證業務之推行及管理。
二、應施檢驗商品申請免驗案件之核辦及追蹤管理。
三、核發各類證書使用之鋼印及取樣章管理。
四、核發各項證書與不合格通知書及單據、證書之保管。
五、檢驗不合格案及違規案件之調查處理。
六、各類規費之核計、催繳及銀行繳款擔保額度作業。
七、本課主管業務之法規、作業程序、標準、訓練與方法之研究改進、蒐集及建議。
八、一般、自由貿易協定及優惠原產地證明書受理核發。
九、各類標識之領取、管理、分配與使用及統計。
十、標準資料之提供、民眾服務與業者意見調查及聯繫溝通。
十一、檢驗業務查詢中心及查詢事項簡復通知單之核發。
十二、單證比對通關及異常處理。
十三、檢驗人員電腦派遣及車輛統派。
十四、輸銷歐盟及其他地區產品衛生證明核發。
十五、配合執行邊境管制單位相關稽查。
十六、其他有關報驗發證事項。
十七、其他臨時交辦事項。