第三課置課長一人，其掌理事項如下：
一、生鮮、乾製、冷凍、冷藏等農畜水產品及其加工調製食品類檢驗業務之推行及管理事項。
二、國內產銷及輸出與輸入之生鮮、乾製、冷凍、冷藏等農畜水產品及其加工調製食品類檢驗與服務事項。
三、生鮮、乾製、冷凍、冷藏等農畜水產品及其加工調製食品委託試驗及特約檢驗執行事項。
四、配合總局執行生鮮、乾製、冷凍、冷藏等農畜水產品及其加工調製食品類檢驗與品質保證等國際合作有關事項。
五、生鮮、乾製、冷凍、冷藏等農畜水產品及其加工調製食品類驗證體系及產品標誌之推行事項。
六、生鮮、乾製、冷凍、冷藏等農畜水產品及其加工調製食品類正字標記品管評鑑及產品檢驗等工作相關事項。
七、本課主管業務之檢驗法規、作業程序、標準、訓練及方法之研究改進，蒐集與建議事項。
八、檢驗儀器、藥品、器材之籌畫與管理維護等事項。
九、本課主管業務之疑義、免驗查詢等事項。
十、本課主管之工作計畫、報告、表報、文稿之撰擬、收發登記事項。
十一、其他臨時交辦事項。