第二組設三科辦事，其掌理事項如下：
一、第一科：農畜水產品如糧食、青果、蔬菜、生鮮及冷凍（藏）畜水產品、畜水產加工品等進出口檢驗、分等檢驗、代施檢驗及品質管制等技術行政事項。
二、第二科：加工食品如罐頭食品、乳製品、醃漬或糖漬食品、糖果、不含酒精飲料、茶葉、食用油脂、澱粉等之進出口檢驗、分等檢驗、代施檢驗及品質管制等技術行政事項。
三、第三科：化工產品如玩具、橡膠、塑膠製品、肥料、水泥、石油、防火耐燃建材、個人安全防護裝置、滅火藥劑等之進出口檢驗、國內市場商品檢驗、分等檢驗、代施檢驗及品質管制等技術行政事項。