計畫課職掌如下：
一、水資源專案工程計畫管理事項。
二、水資源專案工程調查測設隊之成立與解編及調查與測設之執行事項。
三、水資源專案工程環評及環境保護執行計畫之擬訂。
四、水資源專案工程設計及計畫之地方說明會事項。
五、水資源專案工程設計與施工技術規範及相關招標文件擬訂事項。
六、新建水庫（壩、堰）營運管理系統規劃及建置事項。
七、新建水庫（壩、堰）運用要點、水門操作規定及安全維護手冊訂定事項。
八、新建水庫（壩、堰）蓄水前安全複核作業擬訂及執行事項。
九、工程設計與施工技術之研究及教育訓練事項。