管理課職掌如下：
一、關於經管河川、海岸及排水空間利用及維護管理等事項。
二、關於經管河川、海堤區域與排水設施範圍之勘測、建檔、製圖、變更調整等事項。
三、關於經管河川、海堤區域與排水設施範圍之人民陳情、訴願、訴訟案件查處事項。
四、關於海堤區域申請許可使用案件之審核。
五、關於排水設施範圍之管理事項，含許可使用案之受理、審核、許可、撤銷及違法案件之處分。
六、關於經管河川申請種植植物案件之許可證核發事項。
七、關於經管河川申請土石採取之許可證核發事項。
八、關於經管河川申請種植植物及採取土石以外使用案件之許可證核發事項。
九、關於經管河川區域內違法案件查處事項。
十、愛護河川、排水、海岸及防汛宣導事項。
十一、其他臨時交辦事項。