工務課職掌如下：
一、中央管河川、海堤、中央管排水年度工程計畫之執行事項。
二、工程測量、設計、招標、發包之執行事項。
三、工程契約書及工程經費預算之處理事項。
四、工程施工、監造、督導考核、驗收、移交等事項。
五、工程變更設計、申請工程延期之擬議及陳報事項。
六、工程進度之控管、工程品質研究、試驗、控制等事項。
七、施工期間水災防治考核、勞工安全衛生、施工環境保護之擬議及處理。
八、水利工程技術之研究事項。
九、協助及督導各縣市縣管河川及區域排水之工程事項。
十、各項防汛及搶險、搶修、歲修、年度工程擬定與陳報。
十一、防汛材料之製作與管理。
十二、其他臨時交辦事項。