會計室職掌如下：
一、本所預（概）算之籌編、報核及分配事項。
二、預算執行之控制、審核及財務之稽核。
三、採購案件之監辦。
四、經費流用與歲入、歲出保留案件之彙編及報核事項。
五、辦理年度決算。
六、會計簿籍之登記與會計憑證之編製、保管暨各項會計報告之編製及公告事項。
七、現金、票據、有價證券及其他財物之查核事項。
八、推動公務統計及制訂水利業務統計制度。
九、辦理職務上應用統計分析及專（個）案統計調查之舉辦。
十、統計資料之管理、提供、發布及統計書刊之編印。
十一、辦理會計人員之人事管理事項。
十二、其他有關歲計、會計及統計事項。