企劃課職掌如下：
一、集水區保育之資源調查、規劃及計畫擬訂。
二、集水區保育之相關研究發展事項之推動。
三、中長程計畫及特定案件之管制考核。
四、水資源相關會議幕僚作業事項。
五、災害緊急應變綜合業務事項。
六、資訊作業計畫之規劃及推動事項。
七、資訊系統之建置、安全管理、技術支援與設備之管理及維護事項。
八、地理資訊系統之運用規劃及維護管理事項。
九、年度計畫研擬、績效檢討及年度成果彙編事項。
十、各項水資源資料彙整、統計分析及成果報告之編撰。
十一、有關教育宣導事項。
十二、其他臨時交辦事項。