主管機關辦理自由港區申請設置案件之審查程序如下：
一、於受理申請書件證明齊備之次日起十日內函請土地所在地之直轄市、縣（市）政府、財政部及相關機關於二十日內就其業管部分表示意見。
二、於接獲前款有關機關回復意見及劃設編定適當用地之核定後十五日內，完成初步審核。
三、初步審核同意者，應即選定管理機關並加具管理計畫書，核轉行政院核定。初步審核對申請書件證明有補正意見或不予同意者，應即附具理由函復申請人。
前項第三款之管理計畫書應包括內容如下：
一、自由港區管理機關組織。
二、自由港區管理運作與安全維護之規劃及執行。
三、自由港區結束營運後之善後處理機制。