航空器編管及運用權責區分如下：
一、民用部分：
（一）航空器編管主管機關：交通部，負有綜合策劃、指揮監督及審核運用機關申請計畫之責。
（二）航空器編管執行機關：民航局，受航空器編管主管機關之指揮督導，負有執行航空器編管業務之責。
（三）軍事運用機關：國防部或其所屬軍事機關，負有對受運用單位之航空器、維修廠及操作人員，指揮運用之責；國防部並負有審核其所屬軍事機關申請運用航空器計畫之責。
（四）行政運用機關：中央各機關、直轄市或縣（市）政府，負有對受運用單位之航空器、維修廠及操作人員，指揮運用之責。
二、公務部分：
（一）航空器編管主管機關：航空器所屬主管機關，負有綜合策劃、指揮監督及審核運用機關申請計畫之責。
（二）航空器編管執行機關：航空器所屬執行機關，受航空器編管主管機關之指揮督導，負有執行航空器編管業務之責。
（三）軍事運用機關：國防部或其所屬軍事機關，負有對受運用單位之航空器、維修廠及操作人員，指揮運用之責；國防部並負有審核其所屬軍事機關申請運用航空器計畫之責。
（四）行政運用機關：中央各機關、直轄市或縣（市）政府，負有對受運用單位之航空器、維修廠及操作人員，指揮運用之責。
前項第一款第一目之業務得由民航局協助辦理之。