菸品健康福利捐之運作方式如下：
一、供前條第一款至第四款之用者，其受分配機關為衛生福利部及所屬機關。
二、供前條第五款之用者，其受分配機關為財政部及所屬機關。
三、供前條菸農及相關產業勞工輔導與照顧之用及由農業主管機關使用於有利癌症防治之相關產業輔導者，其受分配機關為農業部及所屬機關。
前項各該受分配機關獲配款項之運用，應以明顯標示或其他方式，表達款項來源為菸品健康福利捐，並應納入其主管之單位預算採收支併列方式辦理或其主管之特種基金循預算程序辦理，並建立完善之管理機制。
衛生福利部應就菸品健康福利捐使用成效、行政配合及預算執行相關狀況進行評核，納入未來調整分配比率之參考。
菸品健康福利捐之運用，各受分配機關年度經費之執行情形、成效、金額、補（捐）助事項、受補（捐）助單位名稱與金額及相關資訊，應於次年四月前於各機關網站公開。