會計室分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科
(一) 關於本局單位預 (概) 算之編製事項。
(二) 關於本局歲入、出預算分配事項。
(三) 關於本局統計業務之規劃與表冊之擬編及複核事項。
(四) 關於本局內部審核工作事項。
(五) 關於本局及所屬機關會計人員任免、遷調、考核與獎懲案件之擬議
及核轉事項。
(六) 關於本局所屬基金預算會計事務之複核事項。
(七) 關於本局代管統籌預算科目相關表報管理事項。
(八) 關於本室業務之綜合規劃、協調、追蹤及管制事項。
二、第二科
(一) 關於本局歲入、出預算之控制、執行及審核事項。
(二) 關於本局歲入及歲出憑證之審核事項。
(三) 關於本局付款憑單及傳票之簽發事項。
(四) 關於本局帳務之登記與憑證之整理、保管及送審事項。
(五) 關於本局會計報告之編製事項。
(六) 關於本局採購、驗收之監辦事項。
(七) 關於本局預算分配、修改、經費流用、預算保留及動支第一、第二
預備金事項。
(八) 關於本局半年結算及年度決算報告之編製。
(九) 其他有關本局會計事項。