會計室分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）單位概算、預算之核編。
（二）預備金及專案經費之申辦。
（三）準備立法院審議預算案報告資料、質詢案件及各項報告之研議撰擬。
（四）歲入、歲出分配預算相關事項。
（五）會計人員任免、調遷、考核及獎懲案件之擬辦。
（六）增進財務效能之建議。
（七）其他有關歲計事項及綜合業務。
二、第二科：
（一）歲出預算之控制及查核。
（二）歲入、歲出憑證之審核。
（三）付款憑單、傳票之簽發。
（四）帳務登記及憑證之整理、保管及送審。
（五）預算內款項依法流用之登記。
（六）歲出預算保留之申辦。
（七）採購案件及變賣財物之監辦。
（八）會計報告、績效報告及決算編製。
（九）內部審核及會計管理工作之執行。
（十）統計及其他有關會計事項。