綜合計畫組設四科，各科分別掌理下列事項：
一、第一科
（一）有關本所中、長程科技研究發展計畫之規劃、推動及管考。
（二）年度施政計畫先期作業與施政計畫草案編審及聯繫。
（三）年度施政計畫之管制、選項報會（院）列管計畫之審定作業及執行 進度提報。
（四）年度施政計畫之年終考成作業、年度及結案報告編審、聯繫及提報 。
（五）本所相關科技人才儲備、國內外進修及研究獎助之統籌及規劃。
（六）人員國外公差審查作業與報告審查、彙辦及核轉。
（七）計畫管理之研究。
（八）本所相關科技論著之審查與管理。
（九）史政資料之彙整及典藏。
（十）其他計畫管考相關事項。
二、第二科
（一）資訊業務之規劃與執行。
（二）管理資訊系統之規劃、開發與維護。
（三）資訊網路建置、維護與應用發展。
（四）資訊教育規劃及執行。
（五）資訊軟硬體審核管理。
（六）本所資訊網站維護發展。
（七）圖書業務之規劃、資料蒐集及電子化工作之推動。
（八）圖書、期刊與研究資料之採購、編目及管理。
（九）其他資訊圖書相關事項。
三、第三科
（一）與國內外科技學術研究機構進行科技合作之聯繫、協調及規劃。
（二）與國內外學術團體之聯繫及協調。
（三）主辦或協辦之大型學術研討會之聯繫及協調。
（四）接受委託計畫、合作計畫、技術服務及技術轉移之相關作業。
（五）核子物料管理與核子保防業務之聯繫、執行及監督。
（六）專利之申請、獲得及維持作業。
（七）文宣公關及為民服務作業。
（八）法制業務之承辦及諮詢。
（九）其他科技合作相關事項。
四、第四科
（一）研究器材之採購及管理。
（二）商情