本院醫務方面，設各部科、室，分別掌理左列事項：
一、內科部：內科各種疾病之診療、教學、研究等事項，分左列各科：
(一) 心臟內科。
(二) 胸腔內科。
(三) 胃腸科。
(四) 神經內科。
(五) 新陳代謝科。
(六) 腎臟科。
(七) 血液腫瘤科。
(八) 過敏免疫風濕科。
(九) 感染科。
(十) 加護醫學內科。
(十一) 呼吸治療科。
二、外科部：外科各種疾病之診療、教學、研究等事項，分左列各科：
(一) 一般外科。
(二) 胸腔外科。
(三) 心臟血管外科。
(四) 神經外科。
(五) 泌尿外科。
(六) 大腸直腸外科。
(七) 重建整形外科。
(八) 兒童外科。
(九) 加護醫學外科。
三、骨科部：骨科各種疾病之診療、教學、研究等事項，分左列各科：
(一) 骨析創傷科。
(二) 骨病科。
(三) 運動醫學科。
四、放射線部：放射線檢查、診療、教學、研究等事項，分左列各科：
(一) 一般放射診療科。
(二) 胸部放射科。
(三) 腹部放射科。
(四) 神經放射科。
(五) 介入性放射科。