會計室分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）本局預（概）算及分配預算之編製。
（二）原始憑證之審核。
（三）依政府採購法對工程之定作、財物之買受、定製、承租及勞務之委
任或僱傭等案件之監辦。
（四）本局經費內部審核之執行。
（五）會計人員任免、考績、獎懲之擬議。
二、第二科：
（一）駐外單位預（概）算及分配預算之編製。
（二）記帳憑證、登記會計簿籍之編製。
（三）會計報告之編造。
（四）本局出納及駐外經費審核之執行。
（五）決算之辦理。
（六）審計機關審核通知決定剔除、修正等事項，對有關單位（人員）限
期聲復或追繳處理之通知。
（七）統計資料之蒐集、整理、分析及統計報告編纂。