人事處分設五科，各科掌理事項如下：
一、計畫綜合科：
（一）關於人事規章之訂定、修正事項。
（二）關於員額編制之訂定、修正事項。
（三）關於本署及所屬機關人事機構人事人員管理事項。
（四）關於人力資源管理策略推動事項。
（五）關於推動業務委託民間辦理事項。
（六）關於請辦海巡特考事項。
（七）關於人事統計資料蒐集事項。
（八）關於人事資訊系統研發及管理事項。
（九）關於會報資料蒐整事項。
（十）關於本處公文收發、管制、歸檔等作業事項。
（十一）關於本處不屬其他各科事項。
（十二）其他有關計畫綜合事項。
二、任免科：
（一）關於考試分發、任免、遷調、銓敘審定及人員經管等事項。
（二）關於職務歸系、職務列等事項。
（三）關於軍職人員招募事項。
（四）關於軍職人員志願留營及禁（停）役事項。
（五）關於兼職、兼課之審核事項。
（六）關於軍職人員請任、晉任、晉支等事項。
（七）關於軍職人員智力測驗、軍職專長測驗及授予事項。
（八）關於本署暨所屬機關職員錄製作事項。
（九）關於在職、離職證明文件之核發事項。
（十）關於軍事法院案件通報及普通法院查詢資料等事項。
（十一）關於文職人員人事資料之管理事項。
（十二）其他有關任免事項。
三、考核科：
（一）關於平時考核、考績及獎懲事項。
（二）關於機關組織學習、終身學習事項。
（三）關於人員訓練、進修及研習審查、研習審查或薦送事項。
（四）關於軍職人員退前職訓及軍訓教官薦訓事項。
（五）關於海巡特考錄取人員訓練事項。
（六）關於差勤管理、請（休）假事項。
（七）關於軍職人員人事資料管理事項。
（八）關於服制規定事項。
（九）關於模範人員甄選表揚事項。
（十）關於海岸巡防機關服務證製發管理事項。
（十一）關於軍人及眷屬身分證管理事項。
（十二）其他有關考核事項。
四、給與科：
（一）關於待遇及各項加給事項。
（二）關於退休（伍）、資遣及撫卹事項。
（三）關於本署退休人員照護事項。
（四）關於本署公務人員退撫給及發放作業相關事項。
（五）關於本署政務人員離職儲金提存相關事項。
（六）關於公保、健保、軍人保險及國軍團體保險等相關事項。
（七）關於因公傷亡慰問及各項生活津貼補助事項。
（八）關於輔購住宅、基金貸款及國（眷）宅配售相關事項。
（九）關於文康活動事項。
（十）關於征屬服務事項。
（十一）其他有關給與事項。
五、心理諮商科：
（一）關於心理諮商工作政策釐訂事項。
（二）關於心理諮商人員工作考評暨績優心輔人員選拔表揚事項。
（三）關於心理諮商人員薦訓事項。
（四）關於建立社會實務工作資源網路事項。
（五）關於心理諮商教材編印及書籍購置與管理事項。
（六）關於心理諮商工作專題研究事項。
（七）關於心理諮商推廣教育、專題講演及學術研討事項。
（八）關於心理諮商人員及儲備幹部專長訓練事項。
（九）關於心理測驗及心理諮商問卷調查分析統計事項。
（十）關於心理諮商個案輔導及處理事項。
（十一）關於海巡雙月刊編輯發行事項。
（十二）其他有關心理諮商事項。