勤務指揮中心掌理事項如下：
一、關於海洋、海岸執勤單位人員之協調統合、指導、管制及查考事項。
二、關於重大災害或事故初期應變、指導、通報、處置及資料之移轉管制
事項。
三、關於專案或重大演訓勤務之管制、掌握與每日案件陳（通）報、分辦
及統計事項。
四、關於勤務指揮中心執勤作業規範之訂定、修正、訓練之策劃、督導及
考核事項。
五、關於報案系統之使用及督導、調度、管制等事項。
六、關於各級勤務指揮中心資（通）訊系統需求之建議、資訊設備之管制
運用及作業執行事項。
七、關於對國防、警察、海關及其他機關間相互通報連絡事項。
八、關於執行本署法定任務，建構立體巡防網之規劃、指管、督考事項。
九、關於請求其他機關支援航空器之協調、聯繫及協議等相關事項。
十、關於執行海域、海岸空中任務裝備之研究發展規劃及科技運用與建置
事項。
十一、關於培訓空中勤務專業人員之規劃、督導、考核事項。
十二、關於其他勤指中心執勤作業、處置之督（指）導事項及受理民眾報
案相關事項。