政風處分設二科，各科掌理事項如下：
一、維護綜合科：
（一）關於政風機構組織設置及員額編制事項。
（二）關於政風人員派免遷調、訓練進修、考核獎懲及人事管理建議事項
。
（三）關於年度政風工作計畫策訂及預算編列事項。
（四）關於政風業務督訪規劃及秘書事項。
（五）關於本署所屬機關政風業務之督導事項。
（六）關於訂定公務機密維護規定、宣導公務機密維護法令與做法事項。
（七）關於推動資訊保密事項。
（八）關於洩密案件查處事項。
（九）關於危害或破壞本機關事件之預防事項。
（十）關於協助處理陳情請願事項。
（十一）其他有關公務機密維護、設施安全維護及本處行政綜合事項。
（十二）關於署長交辦事項。
二、預防查處科：
（一）關於訂定端正政風及防制貪污工作實施計畫事項。
（二）關於訂定、修正政風法令、訂定政風工作手冊及宣導政風法令事項
。
（三）關於辦理獎廉倡廉事項。
（四）關於評估易滋弊端業務、協調策訂防弊措施及追蹤管制防弊措施執
行情形事項。
（五）關於稽核易滋弊端業務及辦理重大採購案件監證事項。
（六）關於查察作業違常單位及生活違常人員事項。
（七）關於受理政風檢舉案件及查處事項。
（八）關於蒐集施政民意反應及研提政風興革建議事項。
（九）關於調查分析機關政風狀況及研擬改進措施事項。
（十）關於辦理政風督導考核及獎懲建議事項。
（十一）關於受理公職人員財產申報、查閱及辦理審核事項。
（十二）關於本署法紀教育講習事項。
（十三）其他有關政風預防及查處事項。