第二組分設四科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
（一）關於環境空氣品質、噪音、振動及非屬原子能游離輻射污染之輻射污染、固定污染源空氣污染物、移動污染源空氣污染物及噪音等檢測方法之研訂、修正及解釋事項。
（二）關於不屬本組其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於環境及污染源樣品代表性研究事項。
（二）關於環境及污染源採樣技術建立事項。
（三）關於環境及污染源採樣計畫之規劃事項。
（四）關於環境空氣品質及固定污染源空氣污染物採樣計畫之執行事項。
三、第三科：
（一）關於環境空氣品質檢測之執行事項。
（二）關於固定污染源空氣污染物檢測之執行事項。
（三）關於環境空氣品質、固定污染源空氣污染物檢測品質保證、品質管制之執行事項。
四、第四科：
（一）關於移動污染源空氣污染物、噪音及環境噪音、振動、非屬原子能游離輻射之輻射污染檢測之執行事項。
（二）關於移動污染源空氣污染物、噪音及環境噪音、振動、非屬原子能游離輻射之輻射污染檢測之品質保證、品質管制之執行事項。
（三）關於車輛排放空氣污染物及噪音檢測機構之許可管理與輔導事項。