第三組分設三科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
（一）關於飲用水、地面水、地下水、水污染源放流水、海水中各類污染物檢測方法之研訂、修正及解釋事項。
（二）關於不屬本組其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於飲用水、地面水、地下水、水污染源放流水、海水中有機物檢測之執行事項。
（二）關於飲用水、地面水、地下水、水污染源放流水、海水中有機物檢測品質保證、品質管制之執行事項。
三、第三科：
（一）關於飲用水、地面水、地下水、水污染源放流水、海水中無機污染物檢測之執行事項。
（二）關於飲用水、地面水、地下水、水污染源放流水、海水中無機污染物檢測品質保證、品質管制之執行事項。