資訊管理處分設五科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 關於行政院所屬各機關行政資訊系統之統籌規劃及優先順序研訂事
項。
(二) 關於行政院所屬各機關行政資訊計畫之審議、管制及考核事項。
(三) 關於行政資訊管理之研究發展及綜合研議事項。
(四) 關於本處綜合業務及不屬其他各科業務事項。
二、第二科：
(一) 關於政府網際服務網之運作、維護及管理事項。
(二) 關於行政資訊法規、標準之協調及推動事項。
(三) 關於電子資料流通與資料庫應用之協調及推動事項。
(四) 關於行政資訊安全之協調及推動事項。
(五) 關於政府電子認證之規劃、協調及推動事項。
三、第三科：
(一) 關於政府機關辦公室自動化政策及推動策略之研議及規劃事項。
(二) 關於政府機關實施辦公室自動化之協調及推動事項。
(三) 關於政府機關辦公室自動化計畫之審議、管制及評估事項。
(四) 關於政府機關網路應用之協調及推動事項。
四、第四科：
(一) 關於本會網路系統之規劃、發展及管理事項。
(二) 關於本會資訊系統之規劃及管理事項。
(三) 關於本會資訊系統之稽核及安全事項。
(四) 其他支援政府業務電腦化事項。
五、第五科：
(一) 關於機關網路內容維護之協調及推動事項。
(二) 關於地方機關網路應用之協調及推動事項。
(三) 關於地方機關行政資訊系統發展之協調及推動事項。
(四) 關於地方機關資訊安全、稽核之協調及推動事項。