管制考核處分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 關於行政院重要會議決定、決議及院長指示事項之追蹤事項。
(二) 關於行政院施政問題之專案調查、追蹤、協調及考核事項。
(三) 關於行政院重要方案、計畫之追蹤及管制事項。
(四) 關於監察案件之追蹤及管制事項。
(五) 關於研考業務協調會報之議事事項。
(六) 關於本處綜合業務及不屬其他各科業務事項。
二、第二科：
(一) 關於管制考核制度之研究發展事項。
(二) 關於行政院所屬各機關施政計畫之選項列管及實地查證事項。
(三) 關於列管案件進度報告之編印事項。
(四) 關於列管案件之建檔、管制及資訊化作業推動事項。
三、第三科：
(一) 關於行政院所屬各機關年度工作之考成事項。
(二) 關於行政院所屬各機關列管計畫之考核評估事項。
(三) 關於行政院所屬各機關考成資料之建檔及管理事項。
(四) 關於行政院所屬各機關公文時效管制之規劃及推動事項。
四、第四科：
(一) 關於國營事業年度工作之考成事項。
(二) 關於國營事業之不定期查證事項。
(三) 關於國營事業固定資產投資計畫審查意見之研提事項。
(四) 關於國營事業考成資料之建檔及管理事項。