本院設下列處、會、辦公室：
一、綜合業務處，分五科辦事。
二、內政衛福勞動處，分四科辦事。
三、外交國防法務處，分三科辦事。
四、交通環境資源處，分四科辦事。
五、財政主計金融處，分二科辦事。
六、經濟能源農業處，分三科辦事。
七、教育科學文化處，分三科辦事。
八、消費者保護處，分四科辦事。
九、性別平等處，分四科辦事。
十、新聞傳播處，分六科辦事。
十一、人權及轉型正義處，分五科辦事。
十二、國土安全辦公室，分四科辦事。
十三、災害防救辦公室，分四科辦事。
十四、法規會，分八科辦事。
十五、公共關係處，分四科辦事。
十六、秘書處，分六科辦事。
十七、人事處，分二科辦事。
十八、政風處，分二科辦事。
十九、主計處，分二科辦事。
二十、資訊處，分三科辦事。