人口與健康調查研究中心分設二科，各科掌理事項如下：
一、第一科 (調查及研究業務科) ：
(一) 本局自辦或國內外合作辦理調查研究主題、內容與執行方式之規劃
與籌備事項。
(二) 調查研究人員招訓、分工、實地執行之督導與管控事項。
(三) 調查研究資料核閱、建檔、品質管控等有關事項。
(四) 調查研究資料分析與報告編印事項。
(五) 本局研究調查成果對內、外發布及出版之有關事項。
(六) 規劃及推動電話及社區面訪等調查業務 (含執行督導及管考) 事項
。
(七) 本局既往調查研究原始資料之外釋使用申請有關事項。
(八) 本局駐外人員之行政管理有關事項。
(九) 其他與研究調查有關事項。
二、第二科 (科技發展與科技管理科) ：
(一) 本局科技計畫規劃、委外作業、成果管考等相關事項。
(二) 國民健康指標基本資料之收集與彙整。
(三) 網路出生通報行政管理有關事項。
(四) 關於研究計畫補助申請與國科會獎助申請事項。
(五) 關於與國內外機關 (構) 合作研究有關事項。
(六) 其他與科技發展有關事項。