衛生教育中心分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科 (媒體與傳播科) ：
(一) 關於本局媒體宣導案之整合等事項。
(二) 關於衛生教育傳播媒體開發與建置等事項。
(三) 關於菸害防制媒體傳播宣導事項。
(四) 關於新聞剪輯、輿情分析與記者會協調事項。
(五) 關於健康九九網站及衛生教育資源中心之發展管理事項。
(六) 關於科技計畫相關業務。
(七) 其他臨時交辦事項。
二、第二科 (訓練與國際合作科) ：
(一) 關於業務相關人員訓練計畫之擬定、執行與評價事項。
(二) 關於委託其他機關辦理相關訓練事項。
(三) 關於菸害防制英文宣導品之印製事項。
(四) 關於世界衛生組織相關事務國際研討會之參與事項。
(五) 關於國際非政府組織相關菸害防制合作交流之推動事項。
(六) 關於地方政府執行菸害防制計畫之補助、輔導事項。
(七) 關於行政院衛生署菸害防制推動委員會之幕僚作業事項。
(八) 其他與訓練及國際合作有關之臨時交辦事項。
三、第三科 (衛生教育科) ：
(一) 關於衛生教育模式之開發與評價事項。
(二) 關於衛生教育教材教具開發與評價事項。
(三) 關於醫療院所衛生教育研究發展與評價事項。
(四) 關於菸害防制預防教育 (含無菸餐廳、軍事機構、部隊及營區菸害
防制、無菸職場、無菸校園) 事項。
(五) 其他與衛生教育有關之臨時交辦事項。
四、第四科 (菸害防制科) ：
(一) 關於菸害防制法等相關法規研擬、修訂、釋疑、執法輔導及諮詢考
核事項。
(二) 關於菸害防制人員法制及戒治培訓事項。
(三) 關於菸害防制法規涉外事務含菸草控制框架公約、技術性貿易障礙
協定、貿易有關之智慧財產權協定等事項。
(四) 門診戒菸服務、戒菸專線諮詢、戒菸班、特殊群體戒菸服務等相關
業務事項。
(五) 菸害防制政策、法規、戒菸、菸品檢測等相關工作或研究計畫事項
。
(六) 其他與菸害防制有關之臨時交辦事項。