行政院農業委員會動植物防疫檢疫局（以下簡稱本局）掌理下列事項：
一、動植物防疫、檢疫政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
二、動物用藥品與動物衛生資材政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
三、獸醫公共衛生政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
四、植物防疫、檢疫人員與獸醫師管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
五、畜禽屠宰衛生檢查政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
六、屠宰場登記管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、執行及督導。
七、動植物防疫、檢疫與畜禽屠宰管理科技之研究、發展及技術服務。
八、動植物防疫、檢疫與畜禽屠宰管理技術、程序、方法之研議、執行及督導。
九、國內、外動植物防疫、檢疫與畜禽屠宰管理之疫情報告、資訊蒐集、風險分析、諮商、糾紛處理及諮詢服務。
十、輸出入動物與畜、禽、水產品疫病之精密檢查及處理。
十一、輸出入植物與植物產品之有害生物之精密檢查及處理。
十二、動物用藥品與動物衛生資材檢驗之策劃、執行及督導。
十三、輸出入動植物與其產品檢疫證明書及畜禽屠宰衛生檢查證明文件之簽發、查核、管理及督導。
十四、動植物防疫、檢疫及畜禽屠宰管理人員之訓練。
十五、其他有關動植物防疫、檢疫及畜禽屠宰管理事項。