本署掌理下列事項：
一、食品、藥物、化粧品（以下簡稱食品藥物化粧品）管理政策之規劃與執行及相關法規之研擬。
二、食品藥物化粧品之查驗登記、審核、給證、備查與藥物人體試驗之審查及監督。
三、食品藥物化粧品業者之生產流程管理、輸入查（檢）驗、流通、稽查、查核及輔導。
四、食品藥物化粧品之檢驗、研究、實驗室認證、風險評估與風險管理及中藥、植物性藥材之檢驗。
五、食品藥物化粧品之安全監視、危害事件調查及處理。
六、管制藥品之稽核、通報、預警、教育宣導與第一級、第二級管制藥品之輸入、輸出、製造及販賣。
七、食品藥物化粧品消費者保護措施之推動。
八、食品藥物化粧品事務之國際合作及境外管理作業。
九、其他有關食品藥物化粧品之管理事項。