本中心設董事會，置董事七人至十五人，董事人數應為單數，其中一人為董事長。由主管機關就下列人員遴聘之：
一、政府機關或公民營交通事業機構相關業務人員。
二、國內外對鐵道技術富有研究或經驗之專家、學者。
三、社會公正人士。
前項由主管機關遴聘之董事，得隨時改聘補足原任期。
依前二項規定遴聘或改聘之董事，自遴聘或改聘通知到達本中心時起，依通知之內容對其發生效力。
董事任期每屆三年，期滿得續聘；續聘之董事人數，不得逾改聘董事總人數三分之二。
前項董事由公務員兼任，應隨本職異動者，不計入續聘及改聘董事人數。
董事任期屆滿前，因辭職、死亡或因故無法執行職務被解任者，得另聘其他人選繼任，至原任期屆滿為止。