加工出口區支局掌理加工出工區進出口貨物及視同進出口貨物之通關及查
緝等事宜。分設三股，各股之職掌如左：
一、業務一股：
(一) 連線 C2 、C3 及未連線進出口或視同進出口報單之收單、建檔及
逾時未補報單案件之處理。
(二) 連線 C2 、C3 及未連線進出口或視同進出口報單之分類估價、簽
審規定之查核、銷證及放行。
(三) 未連線進倉資料之建檔及核銷。
(四) 逾期不報關進口貨物之處理。
(五) 進出口或視同進出口報單貨物進區業務費、進口稅費及規費之徵收
。
(六) 押金之收受、追蹤及有關報表之編製。
(七) 貨物稅證照之核發。
(八) 進出口或視同進出口報單申報不符案件及行政救濟案件之處理。
(九) 保稅倉庫進、出倉業務之統計。
(十) 稅捐擔保記帳及自行具結記帳之處理。
(十一) 仿冒商標及偽標產地案件之處理。
(十二) 出口貨物退關，註銷及改船案件之處理。
(十三) 進出口商港建設費繳納證之核發及銷帳。
(十四) 「委託區外加工申請書」及「加工後運回貨物分批進區紀錄表」
案件之收單、分類估價、核銷、放行、違章案件及逾期不運回區
內案件之處理。
(十五) 廠商自行攜帶經由課稅區輸往國外樣品案件之處理。
二、業務二股：
(一) 進出口或視同進出口報單貨物之查驗。
(二) 委託區外加工案件貨物及郵包之查驗。
(三) 貨樣之管理。
(四) 連線 C1 進出口或視同進出口報單之補單及逾時未補單案件之處理
。
(五) 進出口或視同進出口報單放行後之審核及未送審報單之追蹤。
(六) 進出口或視同進出口報單副本之核發、補發及更正。
(七) 進出口或視同進出口報單及「委託區外加工申請書」之點收、歸檔
、保管及銷毀。
三、稽查股：
(一) 貨物進出區之監視、押運或加封。
(二) 聯鎖倉庫及保稅倉庫之管理。
(三) 區內之巡邏及出入口之駐站檢查。
(四) 區內事業廢料 (品) 下腳內銷之查驗、監視、過磅及押運。
(五) 區內事業申報廢料之查驗及監視銷毀。
(六) 貨物進出倉之監管。
(七) 存棧貨物公證、取樣、看樣、加註或更正嘜頭等之監管。
(八) 短溢卸貨物報告表之簽認。